La désinfection consiste à tuer les bactéries, germes et virus de façon globale, sans distinguer celles qui sont inoffensives pour l’homme de celles qui sont susceptibles d’entraîner des infections ou des maladies.

Cette destruction repose souvent sur l’introduction d’une molécule désinfectante à l’intérieur du micro-organisme, et à un blocage de son activité enzymatique qui lui permet de se nourrir. Il existe cependant des alternatives, particulièrement pour la désinfection de l'eau, qui n'utilisent pas de produits chimiques.

C'est ainsi que la désinfection par UV (ultraviolet) connait un intérêt grandissant dans le cadre de la mouvance écologique. Le rayonnement UV, de longueur d’onde inférieur à 290 nanomètres (U.V. C), est bactéricide. Il existe donc des générateurs UV, ou stérilisateurs UV, qu'il est possible d'installer sur son réseau pour débarrasser l'eau de la maison des microbes et autres bactéries.

Ce générateur est équipé d'une lampe ultraviolet, elle-même protégée par un tube de quartz, autour de laquelle l'eau circule avant d'être renvoyée dans les canalisations.

Cependant, ce type de désinfection n'a pas d'effet rémanent, c'est à dire que l'action bactéricide est immédiate mais ne dure pas dans le temps. Si l'eau stagne après sa désinfection, il est possible que des germes se forment à nouveau. C'est pour cela que la désinfection UV est le plus souvent utilisée en action locale (dans des fontaines de tables, certaines carafes ou gourdes) juste avant d'être consommée, ou dans les réseaux d'eau industriels.

Pour les particuliers, il est possible d'utiliser la désinfection UV en dernière étape de filtration pour la récupération d'eau de pluie, d'un puits ou d'un forage, mais cela ne garantit pas la potabilisation de cette dernière.